In 1919, after a six year vacancy, Father Juan Navarrete was named XIV Bishop of Sonora and consecrated a month later in Aguascalientes. He had arrived to Aguascalientes after being ordained in 1909. With intermittent absences, he stayed there carrying out different posts and met the De la Torre family, with whom he maintained a close relationship for many years. In one of such absences, Father Navarrete worked with Francis C. Kelley, priest, diplomat and Oklahoma bishop, who actively worked in favor of the Mexican Catholic cause since 1914.

When he arrived to Hermosillo, Sonora, Bishop Navarrete threw himself into two projects: reconstructing the cathedral and founding a seminar which would be later moved to Magdalena the Kino. In 1926, he was forced into exile in the United States, took the seminar with him and established it in Nogales, Arizona. He came back to the diocese in 1929. In 1932, he publicly opposed the recently enacted state law that made the government registry of priest and churches compulsory.  Due to an arrest warrant and the expulsion of all priests from the state, he took refuge in the Sierra Madre where he temporarily installed the seminar and his episcopal residence.

During his ventures in the sierra he was accompanied by his seminarians, among them Carlos, and some priests including Father Ignacio. In disguise and using Don Fortino as pseudonym, the bishop continued carrying his ministry throughout the diocese until 1937 when he returned to public life. In 1963, the Sonoran diocese was split into the Ciudad Obregon and Hermosillo dioceses. The latter was designated archdiocese and Father Naverrete named its first archbishop.

Additional materials on Bishop Navarrete can be found in the Juan Navarrete y Guerrero collection, 1912-2000, collection number MS 423 located in Special Collections, University of Arizona Libraries.

En 1919, tras seis años de sede vacante, el Prbo. Juan Navarrete fue designado XIV Obispo de Sonora y consagrado un mes después en Aguascalientes. A dicha ciudad había llegado tras su ordenación en 1909 donde, con ausencias intermitentes, desempeñó varios cargos y conoció a la familia De la Torre, con quien mantuvo estrecha relación a lo largo de muchos años. En una de tales ausencias, el Padre Navarrete trabajó con Francis C. Kelley, sacerdote, diplomático y obispo de Oklahoma, quien desde 1914 se involucró activamente a favor de la causa católica en México.

A su llegada a Hermosillo, Sonora el Obispo Navarrete se abocó a reconstruir la catedral y fundar un seminario que después instalaría en Magdalena de Kino. En 1926 fue obligado a exiliarse en Estados Unidos. Se llevó el seminario consigo y  lo estableció en Nogales, Arizona. Regresó a la diócesis en 1929. En 1932 se opuso públicamente a la recién aprobada ley estatal que hacia obligatorio el registro de todas las parroquias y sacerdotes ante el gobierno. Debido a una orden de aprehensión en su contra y la expulsión de sacerdotes del estado se refugió en la Sierra Madre Occidental, donde estableció temporalmente el seminario y residencia episcopal en distintos poblados.

Durante sus andanzas por la sierra estuvo acompañado por varios seminaristas, entre los que se encontraban Carlos, y algunos sacerdotes, incluido el Padre Nacho. De incógnito y bajo el pseudónimo de Don Fortino, el obispo continuó ejerciendo su ministerio por la diócesis hasta 1937 cuando regresó públicamente a ella. En 1963, la diócesis de Sonora se dividió en las diócesis de Cd. Obregón y Hermosillo. Ésta última fue erigida Arquidiócesis y en 1964 el Padre Navarrete fue nombrado como su primer arzobispo.

Materiales adicionales del Obispo. Navarrete se encuentran en la colección Juan Navarrete y Guerrero, 1912-2000 con el número de colección MS 423 ubicada en Special Collections, University Libraries de la Universidad de Arizona.